Digamos que tengo una tabla de datos como sigue:
ID1 ID2 ID3
a a b
a b b
b b b
c c c
c c d
c d d
d e
d e
e
A continuación, quiero convertirlo como como la siguiente estructura:
Samples ID1 ID2 ID3
a 2 1 0
b 1 2 3
c 3 2 1
d 2 1 2
e 1 0 2
¿Alguno de ustedes me ayuda por favor con R o código bash para lograr dicha transformación?
Trate de la R siguiente código
> table(stack(df))
ind
values ID1 ID2 ID3
a 2 1 0
b 1 2 3
c 3 2 1
d 2 1 2
e 1 0 2
> dput(df)
structure(list(ID1 = c("a", "a", "b", "c", "c", "c", "d", "d",
"e"), ID2 = c("a", "b", "b", "c", "c", "d", NA, NA, NA), ID3 = c("b",
"b", "b", "c", "d", "d", "e", "e", NA)), class = "data.frame", row.names = c(NA,
-9L))
Una opción con tidyverse - remodelar a 'largo' formato con pivot_longer, obtener la count y remodelar de nuevo a 'ancho' formato con pivot_wider
library(dplyr)
library(tidyr)
df %>%
pivot_longer(everything(), values_drop_na = TRUE, values_to = 'Samples') %>%
count(name, Samples) %>%
pivot_wider(names_from = name, values_from = n, values_fill = 0)
-salida
# A tibble: 5 × 4
Samples ID1 ID2 ID3
<chr> <int> <int> <int>
1 a 2 1 0
2 b 1 2 3
3 c 3 2 1
4 d 2 1 2
5 e 1 0 2
df <- structure(list(ID1 = c("a", "a", "b", "c", "c", "c", "d", "d",
"e"), ID2 = c("a", "b", "b", "c", "c", "d", NA, NA, NA), ID3 = c("b",
"b", "b", "c", "d", "d", "e", "e", NA)), class = "data.frame",
row.names = c(NA,
-9L))