Desmontaje y mantenimiento de las columnas específicas basa su contenido en R

Question 1

df:No se en realidad que miles de variantes y los Identificadores de

     variant1 variant2 variant3 variant4
ID1   0/0         0/0      0/0     0
ID2   0/0         0/0      0/0     0
ID3   0/0         0/0      1/1     0
ID4   0/0         0/0      0/0     1
ID5   0/1         0/0      0/0     0

Resultado deseado:

     variant1 variant2 variant3 variant4


ID3   0/0         0/0      1/1     0
ID4   0/0         0/0      0/0     1
ID5   0/1         0/0      0/0     0

Me gustaría mantener sólo las filas si tienen 0/1, 1/1 o 1 en ellos.

He intentado dt[grepl(0/1", df),] para cada iteración, pero no parece funcionar.

Hay una base de R o de datos.tabla de la manera de hacer esto?

Question 2

Podemos utilizar if_any de dplyr

library(dplyr)
dt %>%
    filter(if_any(everything(), ~ . %in% c("0/1", "1/1", "1")))

-salida

    variant1 variant2 variant3 variant4
ID3      0/0      0/0      1/1        0
ID4      0/0      0/0      0/0        1
ID5      0/1      0/0      0/0        0

O el uso de base R

dt[ Reduce(`|`, lapply(dt, `%in%`, c("0/1", "1/1", "1"))),]

-salida

    variant1 variant2 variant3 variant4
ID3      0/0      0/0      1/1        0
ID4      0/0      0/0      0/0        1
ID5      0/1      0/0      0/0        0

La misma opción se puede utilizar en data.table

library(data.table)
setDT(dt)[dt[, Reduce(`|`, lapply(.SD, `%in%`, c("0/1", "1/1", "1")))]]

datos

dt <- structure(list(variant1 = c("0/0", "0/0", "0/0", "0/0", "0/1"
), variant2 = c("0/0", "0/0", "0/0", "0/0", "0/0"), variant3 = c("0/0", 
"0/0", "1/1", "0/0", "0/0"), variant4 = c("0", "0", "0", "1", 
"0")), row.names = c("ID1", "ID2", "ID3", "ID4", "ID5"), class = "data.frame")

akrun · Answer 1 · 2021-11-22T17:16:10

Podemos utilizar if_any de dplyr

library(dplyr)
dt %>%
    filter(if_any(everything(), ~ . %in% c("0/1", "1/1", "1")))

-salida

    variant1 variant2 variant3 variant4
ID3      0/0      0/0      1/1        0
ID4      0/0      0/0      0/0        1
ID5      0/1      0/0      0/0        0

O el uso de base R

dt[ Reduce(`|`, lapply(dt, `%in%`, c("0/1", "1/1", "1"))),]

-salida

    variant1 variant2 variant3 variant4
ID3      0/0      0/0      1/1        0
ID4      0/0      0/0      0/0        1
ID5      0/1      0/0      0/0        0

La misma opción se puede utilizar en data.table

library(data.table)
setDT(dt)[dt[, Reduce(`|`, lapply(.SD, `%in%`, c("0/1", "1/1", "1")))]]

datos

dt <- structure(list(variant1 = c("0/0", "0/0", "0/0", "0/0", "0/1"
), variant2 = c("0/0", "0/0", "0/0", "0/0", "0/0"), variant3 = c("0/0", 
"0/0", "1/1", "0/0", "0/0"), variant4 = c("0", "0", "0", "1", 
"0")), row.names = c("ID1", "ID2", "ID3", "ID4", "ID5"), class = "data.frame")

Gracias por tomarse el tiempo para responder, esto funcionó muy bien. ¿Qué significa la "|" la función de Reducir significa? Hace ".SD" en los datos.tabla significa que se aplican a toda la tabla?
@tacrolimus El | es el operador or. Comprueba elementwise O en cada uno de los vectores de la lista de salida de lapply y devuelve un único vector de VERDADERO/FALSO. es decir, si hay una sola VERDAD en la misma posición, devuelve VERDADERO o bien FALSO. 2) .SD - subconjunto de datos.tabla. Si no se especifica nada en .SDcolstomará el entero de las columnas

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