Más cercano de latitud y longitud de los puntos en python

geopy es tu amigo. Dispone de funciones que calcular la distancia entre pares de coordenadas. Este es un enfoque:

from geopy import distance

s = {
    977: (23.141747, 53.796469),
    946: (23.398398, 55.422916),
    # etc etc
}

d = {
    962: (23.657571, 53.703683),
    745: (23.671971, 52.955976),
    743: (23.766849, 53.770344),
    # etc etc
}

for (ss, a) in s.items():
    best = None
    dist = None
    for (dd, b) in d.items():
        km = distance.distance(a, b).km
        if dist is None or km < dist:
            best = dd
            dist = km

    print(f'{ss} is nearest {best}: {dist} km')

Si me quedo con tu ejemplo de los datos que obtengo:

977 is nearest 962: 57.909274476145846 km
946 is nearest 760: 66.3613771288571 km
742 is nearest 962: 4.857141728990575 km
980 is nearest 760: 38.94400553289674 km
660 is nearest 743: 65.56437761273963 km

Si usted necesita las distancias de cada uno de la lista 1 para cada uno de la lista 2, usted podría tratar de

sorted([[ss, dd, distance.distance(a, b).km] for (ss, a) in s.items()
        for (dd, b) in d.items()])

Esto le da una lista de listas, ordenadas por la lista 1 del artículo primero:

[[660, 387, 273.98088337893], 
 [660, 664, 272.6633222300461], 
 [660, 675, 109.98235440892797], 
 [660, 743, 65.56437761273963],

 # etc

Además de ordenar o agrupar a la izquierda como una prueba para el lector.

Esto es bastante similar a la pregunta anterior
Obtener la distancia entre dos puntos en función de la latitud/longitud
así, podría ser reclamado como duplicados.
De todos modos, después de Kurt Peek de la respuesta, se podría hacer:

import geopy.distance

def get_distnace(coords_1, coords_2):
    return geopy.distance.vincenty(coords_1, coords_2).km

para obtener una función que devuelve la distancia en "km". Entonces, dado un par de listas como la suya, en la forma

list1 = [[stat_name_1, lat_1, lon_1], [stat_name_1, lat_1, lon_1], ... ]

list2 = [[...], ... ]

usted probablemente podría hacer:

min_stat = get_distance(list1[0][1:], list2[0][1:])
for stat_1 in list1:
    coord_1 = stat_1[1:]
    for stat_2 in list2:
        coord_2 = stat_2[1:]
        min_stat = min(min_stat, get_distance(coord_1, coord_2)

Tomarlo como un proyecto, una idea, para ser depurado y probado antes de cualquier aplicación.