¿cuál es la mejor manera de usar socket.io con expressjs app?

Puede utilizar http expresa de la aplicación y, a continuación, conecte sockets a través de esa conexión http y usted puede escuchar y emitir los temas dentro de la io.on('connection')

const app = require("./app");
const mongoose = require("mongoose");
const http = require('http').Server(app);
const io = require('socket.io')(http);
mongoose
  .connect(`mongodb://localhost:27017/${process.env.DATABASE}`)
  .then(() => {
    app.listen(process.env.PORT);
    io.on('connection', socket => {
      console.log('socket connected',socket);
    });
  })
  .catch((err) => {
    console.error(`connection failed: ${err}`);
  });

Yo se prefiere esta segunda forma:

App.js

const express = require("express");
const pug = require("pug");
const app = express();
module.exports = app;

Server.js

const app = require("./app");
const realtime = require("./realtime");
const mongoose = require("mongoose");
const server = require("http").Server(app);

mongoose
  .connect(`mongodb://localhost:27017/${process.env.DATABASE}`)
  .then(() => {
    app.listen(process.env.PORT);
    require("./realtime.js")(server);

  })
  .catch((err) => {
    console.error(`connection failed: ${err}`);
  });

Realtime.js

module.exports = (app) => {
    const io = require("socket.io")(app);
    io.on("connection", (socket) => {
      console.log("Socket connected")
    })
};