Quitar ;; en la cadena de

Podemos utilizar preg_replace_callback de aquí a meta de todos los textos que ocurren dentro de los paréntesis (...). Luego, en cada partido, por hacer una simple cadena de reemplazo de ;; a solo ;.

$input = ";{card}(Secrets of Dark Magic);;{card}(Secrets of Dark Magic);;{card}(Secrets of Dark Magic);;{card}(Secrets of Dark Magic;;Called by the Grave);;{card}(Secrets of Dark Magic;;Called by the Grave;;Secrets of Dark Magic)";
$output = preg_replace_callback("/\(.*?\)/", function($matches) {
    return str_replace(";;", ";", $matches[0]);
}, $input);
echo $input;
echo "\n";
echo $output;

Esto imprime:

;{tarjeta}(Secretos de la Magia Oscura);;{tarjeta}(Secretos de la Magia Oscura);;{tarjeta}(Secretos de la Magia Oscura);;{tarjeta}(Secretos de la Magia negra;;Llamado por la Tumba);;{tarjeta}(Secretos de la Magia negra;;Llamado por la Tumba;;Secretos de la Magia Oscura)

;{tarjeta}(Secretos de la Magia Oscura);;{tarjeta}(Secretos de la Magia Oscura);;{tarjeta}(Secretos de la Magia Oscura);;{tarjeta}(Secretos de la Magia negra;Llamado por la Tumba);;{tarjeta}(Secretos de la Magia negra;Llamado por la Tumba;los Secretos de la Magia Oscura)